Mikroskobun bulunması bilim açısından çok önemli bir etki yapmıştır. Mikroskobun ilk bulunuşu ise biraz karışık bir konu olmuştur.
Teleskop mikroskoptan daha önce bulunmuş bir alettir. Teleskobun içindeki mercekler mikroskop gibi kullanılabilmektedir. Bu nedenle teleskop kullanan bilim insanları bu aletten yararlanarak cisimleri daha büyük göstermenin mümkün olduğunu biliyorlardı.Yine de bu teleskoplarla ciddi bir gözlem yapmamışlardı.
İlk mikroskop 1590 yılında Zacharias Janssen tarafından icat edilmiştir.
1600’lü yıllarda Robert Hook(İngiliz) ve Antonie van Leeuwenhoek (Hollandalı) günümüz mikroskobunun atası sayılan ilk modelleri üretmişlerdir. İki bilim insanı beraber çalışmamıştır.
Robert Hook yaptığı mikroskopla şişe mantarını incelemiş ve ilk hücre gözlemini yapmayı başarmıştır.